商事主体投资人将商事主体交给法定代表人、董事、监事、经理经营管理，是基于对上述人员道德和职业操守的信任，这种情况在公司中表现得更为突出。英美法系国家将上述人员与公司的关系归结为信托法律关系。
但是，这种关系并非一成不变，信任危机在公司的经营管理中经常出现。如果出现信任危机，股东为维护自身利益可以行使撤换董事、监事或者经理的权利，然而董事、监事、经理往往利用其在公司中的特殊地位阻碍股东行使此项权利。较为常见的是，董事、监事、经理把持公司营业执照或公章，以图达到阻止公司申请变更登记，进而继续控制公司的目的。
在这种情况下，登记机关是否应该受理、核准变更申请，具体应当如何操作，实践中存在着不同的观点。比较有代表性的观点认为，本着保护股东利益的原则，登记机关应当受理、核准此类申请。具体说来，有两种不同的操作方式。第一种是公司先依照《公司登记管理条例》第六十四条第二款“营业执照遗失或者毁坏的，公司应当在公司登记机关指定的报刊上声明作废，申请补领”的规定，向登记机关申请补发营业执照，然后再向登记机关申请变更登记。第二种是公司先向登记机关申请办理变更登记，公司登记机关核准后，依照《公司登记管理条例》第六十四条第三款“公司登记机关依法作出变更登记、注销登记、撤销变更登记决定，公司拒不缴回或者无法缴回营业执照的，由公司登记机关公告营业执照作废”的规定，由公司登记机关公告营业执照作废，并核发新的营业执照。
以上两种操作方式虽然保护了股东利益，但是并不符合《公司法》、《公司登记管理条例》的规定。第一种方式，以“营业执照遗失或者毁坏”为由申请补发，显然与实际情况不符。第二种方式，以 “拒不缴回营业执照”为由，显然也与事实不符。“拒不缴回”是一种主观故意，在前述情况下，申请人实际上是希望营业执照能够缴回。以 “无法缴回”为由也比较牵强。“无法缴回”是一种客观实际，一般是指营业执照本身已灭失或遗失。
笔者认为，登记机关在决定是否受理、核准此类申请时，应该考虑以下几个因素：
1.申请人的资格确认问题。依据《公司登记管理条例》第二十六条和第二十七条的规定，申请变更登记的主体应当是公司。法定代表人签字和营业执照副本是确认主体资格的两项重要内容。在出现信任危机的情况下，即使是原法定代表人拒绝签字，也可以由新任法定代表人代表公司签字。法定代表人签字一般不成问题。但是，营业执照副本的缺失，会导致登记机关无法全面准确确认申请人的主体资格。
2.申请材料是否齐全。《企业登记程序规定》第九条第二款规定，申请材料齐全是指国家工商总局依照企业登记法律、行政法规和规章公布的要求申请人提交的全部材料。内资登记规范、外资登记规范中明确要求申请人变更法定代表人、董事、监事、经理应当提交企业营业执照副本或其复印件。因此，无法提交营业执照副本或复印件也即意味着申请材料不齐全。
3.申请材料是否符合法定形式。《企业登记程序规定》第九条第三款规定，申请材料符合法定形式是指申请材料符合法定时限、记载事项符合法定要求、文书格式符合规范。内资登记规范等明确要求提交复印件的申请文件应当加盖公司公章。因此，公章的缺失也即意味着申请材料不符合法定形式。
综上所述，单纯从保护股东利益出发，对此类变更申请予以受理、核准不符合立法精神，是重实体、轻程序在公司登记中的具体体现。保护股东利益固然重要，但是依法行政同样不可偏废。
笔者认为，根据有关规定，在出现信任危机的情况下，可以通过以下方式撤换有关人员：公司或股东依据《公司法》第一百五十二条、第一百五十三条的规定，对相关法定代表人、董事、监事、经理向人民法院提起诉讼，要求其返还公司公章及营业执照;待取得营业执照和公章后，再向登记机关申请变更登记。